Les cultures intermédiaires de la même famille pourraient favoriser les maladies et ravageurs de cultures en rotation sur la parcelle. Mais ce n’est pas nécessairement le cas vu la période courte de végétation des cultures intermédiaire. La prudence incite malgré tout d’en tenir compte.
Ainsi, pour éviter la transmission de maladies ou ravageurs spécifiques, nous choisissons des espèces issues de familles botaniques différentes de celles cultivées dans la ferme maraîchère. La moutarde ne sera pas choisie prioritairement si la rotation comprend une forte proportion de crucifères, comme les choux par exemple. La phacélie ne pose pas de problème. Les poacées (graminées) posent moins de questionnement en maraîchage que pour les grandes cultures, sauf si l’assolement et la rotation sont mixtes. C’est notamment la présence de pucerons en grande quantité dans les céréales semées tôt qui inquiètent les céréaliculteurs. La question du voisinage des parcelles demeure.
